研究所嚴格按照内蒙古自治區教育廳出台的“内蒙古自治區高等學校人文社會科學研究項目管理辦法（修訂）” 、cq9电子官网出台的“cq9电子官网哲學社會科學基金項目管理辦法”、“cq9电子官网校内哲學社會科學基金項目管理辦法”對研究所的研究業務進行全面管理；按照“内蒙古财務管理制度”、“cq9电子官网科研經費管理辦法”等财務管理制度管理研究所經費收支。在此基礎上結合研究所的運行特點，逐步建立起了如下管理制度和辦法：

（1）内蒙古農村牧區發展研究所提升計劃建設實施方案(2013-2015)

（2）内蒙古農村牧區發展研究所研究人員聘任管理辦法

（3）内蒙古農村牧區發展研究所後期資助辦法

（4）内蒙古農村牧區發展研究所課題申請與管理辦法

（5）内蒙古農村牧區發展研究所課題申請書

（6）内蒙古農村牧區發展研究所課題合同書